三农”问题是指农村、农业、农民这三大问题。其独立地描述是指在广大乡村区域，以种植业（养殖业）为主，身份为农民的生存状态的改善、产业发展以及社会进步问题。系统地描述是指21世纪的中国，在历史形成的二元社会中，城市不断现代化，二、三产业不断发展，城市居民不断殷实，而农村的进步、农业的发展、农民的小康相对滞后的问题。
“三农”问题实际上是一个从事行业、居住地域和主体身份三位一体的问题。
“三农”问题是农业文明向工业文明过渡的必然产物。它不是中国所特有，无论是发达国家还是发展中国家都有过类似的经历，只不过发达国家较好地解决了“三农”问题。
“三农”问题在我国作为一个概念提出来是在20世纪90年代中期，此后逐渐被媒体和官方引用。实际上“三农”问题自建国以来就一直存在，只不过当前我国的“三农”问题显得尤为突出，主要表现在：一是中国农民数量多，解决起来规模大；二是中国的工业化进程单方面独进，“三农”问题积攒的时间长，解决起来难度大；三是中国城市政策设计带来的负面影响和比较效益短时间内凸显，解决起来更加复杂。
2000年3月，中国民间“三农”问题研究者、湖北省监利县棋盘乡前党委书记李昌平上书朱镕基总理，反映当地“三农”面临的问题，引起中央对“三农”问题的关注。（“农民真苦，农村真穷，农业真危险”。）
新世纪以来，新一届领导集体更加关注“三农”问题，首先在提法上对其有了全新的表述，称其为“全党工作的重中之重”，而此之前的提法是“把农业放在国民经济发展的首位”、“加强农业基础地位”。其次是对“三农”问题有了更深的认识，在2008年党的十七届三中全会通过的《中共中央关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》中，对“三农”问题用“三个最需要”进行了总结（农业基础仍然薄弱，最需要加强；农村发展仍然滞后，最需要扶持；农民增收仍然困难，最需要加快），提出了农村改革发展的指导思想、基本目标任务和遵循原则，并指出“三农”问题是中国改革的焦点问题。
以1978年党的十一届三中全会为标志，37年来的改革，总体来看，我国农村取得很大的发展，但在其发展的背后，还存在着许多问题，尤其是存在着一些潜伏性的危机，这些危机是关系到人心向背、事业成败和政权存亡的大问题，如果不对其及早加以重视和解决，有可能引起整个社会的振荡。